Menurut Zamakhsyari Dhofier, Pondok Pesantren memiliki 5 elemen pokok:

  1. Asrama; Asrama adalah tempat bermukim santri selama berada di Pesantren. Biasanya satu asrama terdiri dari beberapa lantai dengan sejumlah kamar. Satu kamar santri (Sunda: Kobong) diisi oleh bebrapa santri.
  2. Masjid; Selain tempat beribadah, di pesantren, masjid juga digunakan juga untuk mengaji atau menyampaikan pengumuman.
  3. Santri; Menurut C.C. Berg istilah “santri” berasal dari kata shastri yang dalam bahasa Sansakerta berarti “orang yang mempelajari kitab-kitab suci agama Hindu”. Serelah Islam berkembang di Nusantara, istilah ‘santri’ menunjuk pada orang yang belajar di pondok pesantren.
  4. Kiyai; Selain sebagai pengajar, Kiyai senantiasa menjadi pendidik para santri. Kiyai lebih seperti ayah/ibu ketimbang seperti rektor atau kepala sekolah.
  5. Pengajian Kitab Kuning; Awalnya istilah kitab kuning muncul karena kitab klasik yang dipelajari santri dicetak dikertas berwarna kekuning-kuningan atau cream. Meski kitab klasik sekarang banyak dicetak dengan kertas putih, istilah kitab kuning terlanjur nyaman di bibir para santri.

5 Elemen dasar Pesantren menurut Zamakhsyari Dhofier
Asrama adalah tempat bermukim santri selama berada di Pesantren.
Selain tempat beribadah, di pesantren, masjid juga digunakan juga untuk mengaji atau menyampaikan pengumuman
Menurut C.C. Berg istilah "santri" berasal dari kata shastri yang dalam bahasa Sansakerta berarti "orang yang mempelajari kitab-kitab suci agama Hindu"
Selain sebagai pengajar, Kiyai senantiasa menjadi pendidik para santri.
Awalnya istilah kitab kuning muncul karena kitab klasik yang dipelajari santri dicetak dikertas berwarna kekuning-kuningan atau cream.